En 1999, un grupo de alumnos de la preparatoria, preocupados por el ambiente en general y los problemas actuales locales, fundaron EcoAmigos en su pueblo de Mulegé (Baja Calfornia Sur, México). En 2000, EcoAmigos se inscribió en el Grupo Tortuguero, una red de organizaciones nacionales e internacionales de base popular, juntando la campaña para proteger las cinco especies de tortugas marinas de Baja California que actualmente están en peligro de extinción.
Los socios de EcoAmigos incluyen a los alumnos de las escuelas locales, sus padres, maestros y familiares, los pescadores y otras personas interesadas de la comunidad.